Pacient při ní leží na lůžku, v poloze na boku a do konečníku je mu zavedena koncová trubička, která je pomocí hadice spojena se skříňkou vedle lůžka. Do střeva je trubicí pod velmi mírným tlakem vháněna voda o různé teplotě (nestejná teplota „probouzí“ přirozenou peristaltiku). Při této metodě se účinným způsobem jemně rozpustí a vymyje obsah střeva včetně váznoucí stolice, toxických odpadů, kalové masy i možných patogenních mikroorganismů a parazitů usídlených na střevních stěnách. Ze střeva se postupně odplaví jeho obsah a voda postupně začne působit na ztvrdlé usazeniny nalepené na střevní stěně. Proceduru řídí a aparát obsluhuje terapeut (nebo vyškolená asistentka), který průběh vysvětluje, sděluje zkušenosti s terapií a reaguje na pacienta, ale celá procedura samozřejmě musí být garantována lékařem. Během terapie může terapeut jemnou břišní masáží ohmatat problémové zóny a zavést vtékající vodu přesně do těchto oblastí. Postupně tak v délce celého tlustého střeva (100 až 150 cm) projde 10 až 15 litrů vody. Jeden výplach trvá přibližně 40 až 45 minut. Celá terapie se skládá většinou z počátečních třech až šesti výplachů během jednoho až dvou týdnů. Pro prevenci je vhodné zákrok opakovat znovu po půl roce. Při colon hydroterapii tedy dochází díky jemné tonizaci vodou společně s masáží břicha k odstranění kalových nánosů ze střeva, rozšíření úseků s normální peristaltickou aktivitou, k maximálnímu možnému návratu střeva k jeho přirozenému tvaru umožňuje tak intenzivní a důkladné vyčištění a sanaci tlustého střeva, jak to až dosud nebylo vůbec možné. Toto vyčištění dokáže zlepšit zdravotní stav zejména u lidí, kteří jsou v otázkách stravy velmi neukáznění. Poruchy zažívání vznikají nejčastěji v místech uvedených na obrázku.